不同的傳播機制引起的傳染病，消毒的效果有所不同。腸胃道傳染病，病原體隨排泄物或嘔吐物排出體外，污染范圍較為局限，如能及時正常地進行消毒，切斷傳播途徑，中斷傳播的效果較好。呼吸道傳染病，病原體隨呼吸、咳嗽、噴嚏而排出，再通過飛沫和塵埃而播散，污染范圍不確切，進行消毒較為困難。須同時采取空間隔離，才能中斷傳染。蟲媒傳染病則采取殺蟲滅鼠等方法。

在某些特定場合，如生豬養(yǎng)殖產業(yè)中，車輛烘干房還扮演著防止病毒傳播的重要角色。例如，在非洲豬瘟疫情嚴重的時期，車輛烘干房被用于對豬場運輸車輛進行徹底的清潔、消毒以及烘干處理，以有效地殺滅污染車輛的非洲豬瘟病毒，切斷病毒的傳播途徑。